Docking Molecular
Da preparação do receptor à análise de interacções, com validação contra a estrutura cristalográfica.
Python · RDKit · AutoDock Vina · GNINA · Meeko · PDBFixer · OpenMM · py3Dmol
- Introdução: o que é docking e critério de validação
- Preparação do receptor (PDBFixer, PROPKA3, OpenMM, PDBQT/Meeko)
- Preparação de ligantes (protonação, tautómeros, conformações 3D, Gasteiger)
- Caixa de busca (ligante de referência e fpocket)
- Docking com AutoDock Vina (poses e afinidades)
- Validação (RMSD vs cristal)
- Docking com GNINA (CNN, Spearman)
- Análise e interacções (ProLIF, py3Dmol)

















